贝赫切特综合征的病因未明，感染、遗传、免疫失调和环境因素可能与发病有关：
(1)感染：早期研究认为，病毒感染与本病有关，特别是EB病毒和单纯疱疹病毒。亦有人提出本病可能与慢病毒感染或感染病毒后引起的自身免疫反应有关。也有研究提示，本病与分枝杆菌产生的热休克蛋白引起的机体免疫反应有关。近年，人们又发现溶血性链球菌也与本病有关。
我国学者报告，本病病人中，有1／3过去有结核病史或者正在患结核病，经抗结核治疗，不仅结核病治愈，而且白塞病症状也有缓解。
(2)遗传：日本大系列报道，约5％白塞病有家庭聚集现象。对表明人类遗传特征的物质HLA(人类白细胞抗原)的研究发现，在好发地区，贝赫切特综合征病人HLA—B5及其亚型 HLA—B51的阳性率是正常人的4～5倍，但在欧美国家，则无此相关现象。以上现象提示遗传因素在白塞病发病中有重要作用。
(3)免疫失调：经研究发现，本病中发现多种免疫学异常。贝赫切特综合征病人同时存在体液免疫及细胞免疫异常，而细胞免疫紊乱与本病关系更为密切。
(4)环境：贝赫切特综合征的分布有明显的地区性，日本是本病的多发区，但在美国生活的日本后裔贝赫切特综合征并不多见，说明环境因素对贝赫切特综合征发病有一定影响，例如环境污染、微量元素的变化等。
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