先天性再生障碍性贫血约有5%～10%的患者最后发展为急性白血病，多为粒单型。伴有明显皮肤改变的多不合并肾脏畸形，但最终可转变为鳞状上皮癌或其他恶性肿瘤。
获得性再生障碍性贫血预后因病因而异。如对氯霉素有特异反应的或由传染性肝炎所致的再障，预后极差，而由氯霉素过量引起的则多能恢复。
再障患者一旦出现以下四个“红色警报”时，表示再障患者已处于高危状态了，这时候要相当留意病情的发展变化了。
1、发病急，出血严重，血小板＜20000/mm3，粒细胞＜500/mm3，网织红细胞极低或消失；
2、骨髓增生明显低下以淋巴细胞和非造血细胞为主；
3、此类病儿约有50%以上于发病数月内死于葡萄球菌败血症或卡氏肺囊虫等感染或出血。
4、病情进展缓慢，粒细胞与血小板减少不严重，骨髓受累较轻，对雄激素治疗有反应的，预后较好。骨髓移植后长期存活率可达30%～60%。
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