再生障碍性贫血的发病原因并不十分明确，约半数患者找不到明确病因，但目前认为可能与下列因素有关：
一是药物。临床上常见到使用氯霉素、抗甲状腺药或抗结核药后出现的再障患者。其中特别值得提出的是，氯霉素是药物引起再障中最多见的病因，这与该药物的滥用有关。甚至有的人十几年前用过氯霉素，十几年后查出患再生障碍性贫血。国内有调查显示，半年内有服用氯霉素者发生再障的危险性比其他人高出33倍。除此之外，不按医嘱服药、自行购买滥用相关药物或在必要用药时不按时监测血常规则风险更大。
二是化学毒物如苯等。苯及其衍化物是最重要的骨髓抑制毒物，其和再障的关系已为许多实验研究所肯定。苯是一种无色透明液体，易挥发，可经呼吸道吸入，或经皮肤接触吸收。长期与苯接触比一次大剂量接触的危险性更大。有统计显示，长期职业性接触达3年以上者发生再障的危险性为其他人的2.8倍。
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