病因尚未明，可能为多种致病因素的综合作用，与免疫异常、感染和遗传因素似较有关。
（一）免疫 患者的体液免疫和细胞免疫均有异常。半数以上血中可检测到结肠抗体、循环免疫复合体（CIC）以及补体C2、C4的升高。利用免疫酶标法在病变组织中能表现抗原抗体复合物和补体C3。克隆病患者出现关节痛，也与CIC沉积于局部而引起的损害有关。组织培养时，患者的淋巴细胞具有毒性，能杀伤正常结肠上皮细胞；切除病变的肠段，细胞毒作用亦随之消失。患者的巨噬细胞也有协同T细胞和抗体介导的细胞毒作用，攻击靶细胞而损害组织。白细胞移动抑制试验亦呈异常反应，说明有细胞介导的迟发超敏现象；结核菌素试验反应低下；二硝基氯苯（DNCB）试验常为阴性，均支持细胞免疫功能低下。近年来还发现某些细胞因子，如IL-1，2，4，6，8，10，γ干扰素和α肿瘤坏死因子等与炎症性肠病发病有关。如活动性炎症性肠病患者的血清和粘膜的IL2浓度增高，应用IL2能使病情恶化，而抗IL2受体的抗体能使之改善。有认为克隆病属自身免疫性疾病。
（二）感染 应用特异性的DNA探针以PCR方法发现2/3克隆病病人有副结核分支杆菌（MP）存在，但抗MP治疗疗效不显著，而且此菌也存在于正常人的肠壁，因此本病与MP感染关系不肯定，可能与诱导复发有关。此外，近年来倾向于克隆病与病毒及衣原体感染无关。
（三）遗传 近年来十分重视遗传因素。根据单卵性和双卵性双胎的调查，双生子共患克隆病的远较溃疡性结肠炎为多。北美犹太人患病的较黑人多，具阳性家族史达10%以上。家庭成员中同患本病的尚不能完全排除相同环境、饮食和生活方式对发病的影响。近有认为本病患者染色体有不稳定现象。
（四）其他 精神因素与Crohn病的发病有一定关系，如患者常伴有抑郁症，但无对照研究，尚未肯定。
孔氏克隆病痊愈汤运用中医辩证、阴阳平衡的理论，经过孔教授的反复论证和推敲研制出专治克隆病的特效验方。该方具有化腐生肌、解毒消肿、生肌敛口、益肾填精、益气助阳、滋阴养血、等作用。其针对性强，消除全肠壁水肿，修复粘膜，修复深层溃疡，堵住烂的“窟窿”，防止瘘管形成，防止肛周脓肿。是目前治疗克隆病最有效的方法。
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从医50载，孔彪儒教授
杰出贡献之克隆病痊愈汤 |
孔彪儒，我国著名中医教授，从医50年救人无数。借鉴祖辈世代行医治病经验及现代医学理论和数十年的临床实践，经过不断研究—试验—提高—完善，成功研制出治疗克隆病的特效验方——孔氏克隆病痊愈汤。
孔教授认为，克隆病属中医腹痛、泄泻、便血、积聚、虚劳等范畴，其发病或为湿热之邪蕴结于肠道，气机阻滞、肠道功能紊乱，清浊不分而致腹痛腹泻;或为气血运行不畅，瘀血停阻于肠络而见黑便、腹部包块;或中阳不足，失于温煦，运化无力而久泻不愈，神疲肢冷。本病属于虚实夹杂，本虚标实。因此辨证首当明辨虚实、标本之主次。初期表现为身热恶寒，腹痛，泻下等，即标实之湿热之症;久病者多以正虚为主，须辨阳虚阴虚之各异。克隆氏病的中医治疗......
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