科学家因为研究分类上之方便，把人体免疫系统异常所引起之疾病分为过敏、免疫与风湿三大类。但基本上，过敏疾病的反应是针对外界的过敏原，免疫疾病是针对免疫系统之组成与自体抗原，而风湿疾病是针对关节系统之组成与自体抗原。
因此，如果免疫系统把反应朝向自己，就会产生自体免疫疾病与风湿疾病；如果把反应朝向外界过敏原，就会产生过敏疾病。由于检验免疫细胞与免疫球蛋白的功能及方法都很类似，所以有些医院将这三种疾病归在同一科。虽然这些疾病通称免疫系统异常，但是基本病因却不同，治疗也不尽相同。
过敏免疫风湿疾病之致病机转与常见疾病
一、过敏疾病之致病机转
外界过敏原是引发过敏疾病之主因，常见的过敏反应有四种，其中以IgE有相关的第一种反应最常见也最严重。
第一种过敏反应的成因是当身体的免疫功能发生问题，免疫细胞趋向于制造过多的过敏球蛋白IgE与肥胖细胞时，身体就容易对外界过敏原产生反应，尤其是过敏原、过敏球蛋白IgE及肥胖细胞同时存在时，身体就会产生过敏反应。此反应造成之疾病包括：
1. 过敏性休克：例如Penicillin引起之休克和蜜蜂螫伤引起之休克。
2. 皮肤过敏：例如异位性皮肤炎及荨痲疹。
3. 鼻子过敏：例如过敏性鼻炎。
4. 气管过敏：例如过敏性气喘。
5. 肠胃道过敏：例如过敏性食道炎及肠胃炎。
二、免疫疾病之致病机转
一般正常情况下，免疫功能可以适度调整来应付任何身体不认识之抗原，当身体组织受到外在病菌或内在荷尔蒙影响之后而产生结构上之改变，免疫系统会引起异常反应。
人体免疫系统可以用来消除病菌感染和肿瘤增生，因此广义的免疫疾病就包括感染免疫学与肿瘤免疫学。但狭义的免疫疾病主要分为免疫系统的组成异常与免疫系统反应异常等两大类。而此两类所造成之疾病如下：
1. 免疫系统组成异常之常见疾病
A. 细胞免疫不全：后天免疫不全之疾病主要是艾滋病。
B. 血清免疫不全：以IgG免疫球蛋白缺乏最为常见。
C. 混合型免疫不全：细胞与血清两种免疫组成同时异常。
2. 免疫系统反应异常之常见疾病
A. 全身性自体免疫疾病：如全身性红斑性狼疮、硬皮症、皮肌炎、多发性肌炎、干燥症等。
B. 单一器官自体免疫疾病：如桥本氏甲状腺炎、第一型糖尿病、类风湿关节炎等。
三、风湿疾病之致病机转
免疫功能如果针对关节、肌腱与肌肉而产生发炎反应，可依病因分为自体抗体、人体组织抗原及内分泌等三大类
1. 自体抗体相关之疾病：
类风湿性关节炎病人体内会产生对抗IgG免疫球蛋白的自体抗体。
2. 人体组织抗原相关之疾病：
僵直性脊椎炎病人的细胞表面组织表现型为HLA-B27，特别容易与病菌产生过度免疫反应。
3. 内分泌相关之疾病：
肌纤维疼痛症病人在压力过大、甲状腺功能异常、运动量不足或维他命B群摄取不足，都会产生肌肉功能异常之疾病。
过敏免疫风湿疾病之诊断原则很类似
诊断这类疾病都会检查免疫球蛋白（IgG、IgA、IgM及IgE）及免疫细胞（Th1及Th2辅助型淋巴细胞），但这些与疾病的严重度没有直接相关，有直接相关的检查依疾病种类而异，过敏反应相关的检查最主要是过敏球蛋白IgE；自体免疫反应相关的检查最主要是抗核抗体ANA；类风湿关节炎相关的检查最主要是风湿因子RF。
如果细分各种过敏原及各种自体免疫疾病，还有更详细的特异型IgE抗体及特异型抗核抗体等。值得注意的是这些检查很敏感，特异性高，但是对疾病的敏感度不高，不容易测出结果。因此有IgE、ANA、RF并不一定代表会发病或正在发病，这些仅能作为预防疾病的参考。

 
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