钙离子拮抗剂主要有维拉帕米，硝苯地平和硫氮卓酮，其中对维拉帕米的研究最多。其治疗机制为减少肥厚心肌细胞内的钙离子超负荷状态，减轻钙离子超负荷所致的收缩功能及舒张功能异常，提高舒张期心室充盈量及充盈压。
　　某些对β受体阻滞剂无效的患者改用维拉帕米后可使症状得到改善，初始剂量为240～360mg/d，可增至480 mg/d。但维拉帕米可使窦性心律受抑，阻断房室传导、舒张血管、负性肌力作用，从而使血压下降，肺水肿并导致死亡。故现有学者建议不用或慎用维拉帕米治疗HCM。硝苯地平较维拉帕米抑制房室传导功能弱，且能改善胸痛症状。对于某些患者，特别是存在左室流出道压力阶差的患者，合用硝苯地平和普萘洛尔可能更有益。但它同样存在使血压下降，增加左室流出道压力阶差的危险，且大剂量时也会抑制左室功能，其对舒张功能的影响报告不一。
　　硫氮卓酮初步显示可提高左室舒张功能，并且可能通过钙离子的阻断作用使肥厚心肌消退。用量为30～60mg,3次/天。